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B3: Vergröberung der Lösungsmitteleffekte in Molekulardynamik-Simulationen unter dem Einfluss mechanischer Kräfte

Wir planen, sogenannte Hybrid-Schemata für die molekulardynamische Berechnung des Verhaltens von molekularen Komplexen unter dem Einfluss externer Kräfte zu entwickeln. In solchen Simulationen ist man hauptsächlich an den Eigenschaften des betrachteten Moleküls interessiert und nicht an der Dynamik des Lösungsmittels. Die Behandlung des Lösungsmittels ist jedoch sehr zeitaufwendig. Deshalb möchten wir Schemata anwenden, die es erlauben, die Dynamik des Lösungsmittels vergröbert zu behandeln, den betrachteten Komplex jedoch mit atomistischer Auflösung.


Determining Factors for the Unfolding Pathway of Peptides, Peptoids, and Peptidic Foldamers
Lalita Uribe, Jürgen Gauss, Gregor Diezemann
The Journal of Physical Chemistry B 120 (40), 10433-10441 (2016);
doi:10.1021/acs.jpcb.6b06784

Mechanical unfolding pathway of a model β-peptide foldamer
Lalita Uribe, Stefan Jaschonek, Jürgen Gauss, Gregor Diezemann
The Journal of Chemical Physics 142 (20), 204901 (2015);
doi:10.1063/1.4921371

Comparative Study of the Mechanical Unfolding Pathways of α- and β-Peptides
Lalita Uribe, Jürgen Gauss, Gregor Diezemann
The Journal of Physical Chemistry B 119 (26), 8313-8320 (2015);
doi:10.1021/acs.jpcb.5b04044

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